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La taxinomie (du grec taxis : rangement et nomos : loi) est la partie de la biologie visant à établir une classification systématique des êtres vivants.
Préférer taxinomie à taxonomie.
| Sommaire |
Toutes les classifications se présentent sous la forme d'un arbre (classement arborescent), depuis une racine incluant tous les êtres vivants existants ou ayant existé, jusqu'aux individus. Chaque nœud de l'arbre définit un taxon, qui groupe tous les embranchements qu'engendre le nœud.
Mais de par le passé, il n’en a pas toujours été ainsi. Le scientifique suédois Carl von Linné (1707 - 1778) posa les fondations de la systématique, et fut l'auteur d'une classification dont les grands principes furent la base de la systématique scientifique jusqu'au milieu du XXe siècle. Cette classification traditionnelle, fortement anthropocentrique, fait encore, en ce début du XXIe siècle, partie du bagage culturel commun. Pourtant, elle reflète des causes de la diversité des êtres vivants (création divine) telles qu’on les pensait voici 250 ans, mais qui n’ont plus rien à voir avec ce que nous pensons aujourd’hui de ces causes (évolution).
L’anthropocentrisme est battu en brèche avec Darwin qui recommande en 1859 une classification purement généalogique. S’il y a eu évolution, les espèces doivent être classées selon leur degré d’apparentement évolutif. Mais il faudra attendre près d’un siècle pour que nous y arrivions vraiment, et d'abord pour que nous acceptions la généalogie comme inaccessible (qui descend de qui ?) pour mieux nous concentrer sur la phylogénie (qui est plus proche de qui ?). Dans la deuxième moitié du XXe siècle est apparue l'approche phylogénétique pour laquelle le critère fondamental du choix de la classification est qu'elle doit refléter strictement la phylogénie, c'est-à-dire les degrés d’apparentement entre espèces. La notion même d'une telle phylogénie est une conséquence de la théorie de l'évolution, et le succès prédictif des arbres phylogénétiques une des preuves de cette théorie.
L'approche phylogénétique demande que les taxons soient limités à ceux qui respectent les deux conditions suivantes :
On parle alors de taxon monophylétique ou clade. Cette contrainte a amené des modifications fondamentales de la classification scientifique, certaines renversant le « sens commun » modelé par l'héritage culturel. Ainsi les dinosaures n'ont pas disparu, la systématique moderne incluant les oiseaux dans le groupement « dinosaures ».
Parmi d'autres exemples, les taxons traditionnels comme reptiles, poissons, algues, dicotylédones, pongidés, n'ont pas droit de cité en systématique phylogénétique, car considérés polyphylétiques (origines multiples) ou paraphylétiques (incomplets). D'autres ont survécu avec quelques séquelles, comme champignons. Enfin, certains ont surmonté la tempête, comme animal (métazoaires) ou mammifères. Remarquons qu'il n'y avait rien d'évident à ce que tous les animaux multicellaires partagent un ancêtre commun qui les sépare de tout végétal ou champignon.
Il y a plusieurs approches techniques pour élaborer les arbres phylogénétiques.
Selon les publications, on trouve à ce jour des classifications de tout type, depuis la classification traditionnelle à peine remaniée, jusqu'aux classifications strictement phylogénétiques en passant par différents mélanges, par exemple gardant les catégories, mais s'alignant sur les découvertes récentes en matière de phylogénie.
Un concept important de classification, qui reste valide, est celui d'espèce. Ce groupement est relativement bien défini, du moins pour les espèces à reproduction sexuée.
Une espèce groupe les individus potentiellement inter-reproductibles. Cette définition est loin d'être totalement opérationnelle (individus de même sexe, individus n'ayant pas vécu en même temps, ou trop loin l'un de l'autre, dérives géographiques comme dans le cas du goéland argenté…), mais dans l'ensemble elle fournit une base de travail acceptée. Dans le cas de la reproduction strictement asexuée, on parle abusivement d'espèces à la place de lignée, le groupement étant alors purement phylogénique. Le cas des entités à la limite du vivant (virus, prions) est encore différent; elles sont en général exclues des classifications. Une autre difficulté à citer est celle des symbioses strictes, comme les lichens (qui combinent une partie d'origine champignon, et une partie photosynthétique, d'origine différente).
Les espèces sont nommées selon le système binominal mis en place par Linné. Un nom d'espèce est composé d'un nom de genre, en latin, suivi d'un qualificatif d'espèce, aussi en latin, suivi (en toute rigueur) de la mention d'origine (auteur et date). Par exemple, Panthera leo Linnaeus, 1758 désigne l'espèce plus communément appelée lion.
